Черепахи
Ближе к побережью Средиземного моря встречаются черепахи: средиземноморская (Testudo graeca, в том числе эндемичный для Ближнего Востока подвид Testudo graeca floweri), мягкотелая черепаха (Trionychoidea), каспийская черепаха (Mauremys caspica), африканский трионикс (Trionyx triunguis) и зелёная, или суповая (Chelonia mydas).
В Негеве встречается разновидность египетской черепахи Testudo werneri, в Израиле крайне немногочисленная (по оценкам 80-х годов, 4—5 экземпляров на км²) и находящаяся по угрозой исчезновения. Быстро распространяется завезенная из Америки красноухая черепаха (Trachemys scripta).
На берегах Эйлата выводят детёнышей черепахи-биссы (Eretmochelys imbricata). На специальных фермах в коммерческих целях также разводятся аллигаторы и другие виды крокодилов (нильские, кайманы, гавиалы).
Змеи
Среди пресмыкающихся, обитающих в Израиле, сорок один вид змей, девять из них ядовиты. Наиболее распространёнными видами среди них являются палестинская гадюка Вернера (Vipera palaestinae) и эфа (Echis colorata).
Реже встречаются другие виды гадюк, на юге в связи с расширением сельскохозяйственных земель расширяется также ареал чёрной кобры (Walterinnesia aegyptia). Ящеричная змея (Malpolon monspessulanus), чей яд для человека не опасен, встречается иногда и в застроенных районах.
Преимущественно подземный образ жизни ведут похожие на больших червей два вида змей из семейства слепозмеек — обыкновенная слепозмейка (Typhlops vermicularis) и Letheobia simonii, вид, описанный по голотипу из Хайфы и эндемичный для Израиля и Иордании (а также, вероятно, для Сирии) — и один вид семейства узкоротых змей — Myriopholis macrorhynchus, наиболее крупный в семействе, достигающий 25 см в длину. Изредка их можно встретить в дневное время на поверхности земли занятыми охотой на насекомых, являющихся основой их пищи.
Западный удавчик (Eryx jaculus) является единственным представителем семейства ложноногих, или удавообразных змей в Израиле. Эта неядовитая змея, средняя длина которой около 60 см (максимальная — до 80 см), охотится на мелких птиц, грызунов и пресмыкающихся, удушая их характерным для удавов способом.
Ужи
Подсемейство настоящих ужей представлено в Израиле 20 широко распространенными видами, большинство из которых часто встречаются в различных насаждениях населённых пунктов в поисках грызунов и птиц.
Таким поведением характеризуется, в частности, и крупнейшая в Израиле змея — полоз Dolichophis jugularis (в Израиле обитает подвид D. jugularis ssp. asianus). Эти змеи достигают в длину 2,4 м (за пределами Израиля до 3 м) и весят до 2 кг. Уничтожающий грызунов размерами до крысы Dolichophis jugularis приносит пользу сельскому хозяйству. По Израилю проходит северо-западная граница мирового ареала одной из самых красивых змей страны — элегантнейшего полоза (Platyceps elegantissimus). Эта имеющая контрастную желто-черную окраску и достигающая 60 см в длину змея была впервые обнаружена в Араве в 1953 году. Вид внесен в Красную книгу Израиля: точная численность его популяции неизвестна, но ограниченность израильского ареала лишь южной частью Аравы, усиленно разрабатываемой под под сельское хозяйство, может привести к исчезновению вида из фауны Израиля. Для двух других видов полозов, внесённых в Красную книгу Израиля, регион Эйлата и южной Аравы является северной границей ареала. Это Psammophis aegyptius, существованию которого в Израиле угрожает продолжающееся загрязнение пересохших русел рек — его обычной среды обитания; и Platyceps sinai (ранее как Coluber sinai), до 90-х годов считавшийся эндемиком Синайского полуострова. Экземпляры Platyceps sinai, встречавшиеся в Израиле, ошибочно классифицировались как особи элегантнейшего полоза.
Если предыдущие два вида встречаются в южных районах страны, то Eirenis levantinus и разноцветный полоз (Hemorrhois ravergieri), напротив, являются обитателями её севера — последний в Израиле вообще наблюдался лишь дважды, оба раза на горе Хермон. Израиль, по-видимому, является самой южной из стран распространения этих видов. В Красную книгу Израиля внесены и два вида лазающих полозов — четырёхполосый Elaphe quatuorlineata (в Израиле встречается подвид E. quatuorlineata sauromates) и закавказский Zamenis hohenackeri (представленный подвидом Z. hohenackeri taurica); для обоих видов Израиль (Хермон и Голанское плато) представляет южную границу ареала.
